Awal berdirinya pondok pesantren adalah pengembangan dari majlis ta’lim yang diresmikan oleh guru mulia dari hadramaut(negeri leluhur wali songo) yaman, Al-habib salim as-syathiri ba’alawi al-yamani pada tahun 2007 dengan nama jam’iyah Madinah Ar- Rasul(JMR).

Seiring dengan perkembengan waktu, atas dorongan dan doa restu Al-habib salim as- syathiri ba’alawi al-yamani serta KH. Syarif Hud bin yahya maka pada tahun 2012 didirikanlah pondok pesantren Madinah Ar-Rasul(putra) dan tahun 2018 berdirinya pondok putri. Pada tahun 2015 didirikanlah lembaga formal tingkat SMP dengan nama SMP progressif Madinah Ar-Rasul, ditahun 2021 dibentuklah Madrasah aliyah(MA) madinah Ar- Rasul dan Sekolah Tinggi agama Islam Madinah Ar-Rasul(STAIMARS).

KURIKULUM PENDIDIKAN

Dalam mengembangkan pendidikan didalam pesantren, Madinah Ar-Rasul menerapkan system terpadu antara salaf dan modern, hal ini dilakukan agar pondok pesantren Madinah Ar-Rasul tetap relevan dengan kondisi zaman yang terus berkembang dengan tetap berpegang pada prinsip “mempertahankan tradisi lama yang masih eksis, dan mengambil tradisi baru yang lebih relevan” sehingga terus berupaya untuk maju dan lebih baik.

Ponpes Madinah ar-rasul saat ini termasuk pesantren yang masih tahap pengembangan, di umurnya yang ke 10 tahun masih dalam proses pengembangan system, manajemen, bangunan dan unit usaha untuk lebih baik lagi. Dalam hal kemandirian pesantren Alhamdulillah saat ini sudah memiliki 3 unit usaha : Konveksi, Koperasi dan Kantin. Potensi lahan pesantren yang masih luas diarea persawahan sangat memungkinkan untuk pengembangan unit usaha ataupun pergedungan, dan Alhamdulillah saat ini dalam tahap pengajuan pendirian STAIMARS(Sekolah tinggi agama islam Madinah Ar-Rasul)